相同程序的网站对seo没有影响，主要原因是搜索引擎抓取之后处理的出的是页面中的内容，标题，关键词，描述，文章内容，两个不同网站不管你排版如何，标签怎么使用，你内容不同，搜索引擎是不会对比的，如果都是原创文章都会的到高权重（程序标签要优化好）。如果你两个站内容一样即使使用不同的程序，排版样式，搜索引擎都会对两个站进行比较，最后又一个站被K（不一定是K，就是没搜录没排名）。
同ip对网站的排名影响已经降到足够低，这个理论开始不知道是谁提出来的，其实我个人一开始就觉得这个现象是不存在的，因为从一开始都是针对的是域名，网址的处理，ip是什么，判断，参考在什么地方？
做好seo就是做好基础的东西，程序，标签，内容，链接，界面。搜索引擎自然会青睐你。
对于程序对搜索引擎的影响比较容易明白的事例，开源论坛，大家都是同一套程序，模板差不多，但搜索引擎没有直接否定，是的根据各自的网站内容进行处理。各家搜索引擎对站长说的都是内容，原创。百度一个个算法调整都是在正对网站内容，提升用户的体验。
在站长做seo的时候要多注重内容，在程序，界面，标签，连接优化好的基础上做好内容必然能备搜索引擎所青睐。
两个网站整合
这个问题最重要的就是把需求梳理清楚。由于题主没有对需求的详细描述，这里我简单提供几种常见的解决方案。
先明确下概念：下文我会把多个网站称为“子站”，整合后的网站称为“总站”。
首先最简单，最高效的方案，就是在总站中添加一个栏目通过链接的形式链接到各个子站。这种方式比较适合各个子站的需求和展现方式不同需要独立开发的网站整合，这种类型常见于各大高校的网站，每个院系的网站都由院系独立开发，而学校网站上通过“院系设置”栏目链接到各个院系的子站。
接下来是需要将子站完全整合到总站的方案。总体思想是，讲子站页面完全迁移到总站，作为总站的子页面展示。这种方案针对不同的网站类型有不同的整合方法：子站为纯静态页面，那么这种类型的网站整合，只需要将子站的静态页面风格和总站统一然后加入总站子页面即可。子站包含CMS发布功能，这种类型的整合稍微麻烦一点，数据的整合，需要结合所有子站的内容数据，制定出总站的内容数据格式，再将子站的数据按照这个格式导入总站的数据库，并且标注数据来源。发布后台的整合，这个最简单的方案是总站直接提供按照新的数据格式的发布后台。子站还包括其他功能，这个需要按照具体的功能具体分析。
上文介绍了几种类型网站的整合方案，并且针对其中可能的场景做了分析，但是实际中还是要按照具体的需求来制定方案的。
两个网站可以共用一个域名吗
你的这个叫子域名，也就是二级域名，在域名解析里面添加一个A记录就可以了的，不要钱的，只是各个域名注册商有数量限制，有些可能只能设置五个二级域名。这个域名解析很简单，但是你的服务器空间需要支持绑定二级域名的，开两个几个网站的，不支持解析子目录的话，需要技术解决，怎么解决的，网上好像有教程，我没有使用过，因为我是使用国外的空间，都是直接支持绑定子目录的，把自己的子域名随意绑定到那个目录下了就可以的，很简单的
